Началась Четвёртая Мировая война, но теперь пять стран выступили как союзники против общего врага - Учихи Мадары (Тоби). Состоялась последняя битва после которой селения ещё очень долго оплакивали павших героев. Но самая главная битва произошла между тем кто нёс в себе огонь ненависти, и тем, кто нёс в себе волю огня. Узумаки Наруто и Учиха Саске сошлись в поединке, прямо в центре сражения, все шиноби кто успел отошли как можно дальше, от места их схватки. И вот последний решающий удар должен был показать победителя, но.....Тело Учихи Саске так и не было найдено, а Узумаки Наруто при смерти был доставлен в Коноху, где Сакура с помощью техники Чиё спасла его, но взамен отдала часть своей жизни.
Тоби бежал вместе с оставшимися Акацки - Кисамэ и Зетсу, но его угроза была хоть и на время но остановлена...

Прошло двадцать лет, Цунаде ушла с поста Хокаге оставив его на Наруто. Он достиг мечты. но горечь от утраты друга всё не покидала его, но всё же после этих событий он смог понять чувства одной застенчивой девушки и ответил на них. Карин осталась в Конохе как шиноби, Джуго ушёл путешествовать, Суйгетсу же по прежнему ищет Самехаду. Райкаге несмотря на свой почтенный возраст продолжает править селением молнии, и старается всё больше и больше расширить границы. Теруми Мей после войны вышла замуж за Чоуджиро и в селении Тумана началась эпоха нового, мирного правления. Конан решила попытаться осуществить мечты Яхико и нагато и став новым Каге Аме постаралась преобразовать селение так. ка кэто мечтали её друзья. В Иве был долгий траур после смерти Тсучикаге, годы взяли своё и он ушёл со своего поста как самый старый Каге в мире. В Суне всё по прежнему, хотя Гаара старается усилить селение и накопить военную мощь не уступающую Конохе, и это настораживает другие селения. Создавались новые семьи во всех селениях и новое поколение вступало в игру под пристальным присмотром предыдущего, но вместе с новым поколением вернулась и старая Угроза, о которой ещё никто не подозревал.
Тоби, вместе с выжившими сообщниками, начал воскрешать организацию Красной Луны, и первым делом вернул к жизни Хидана. Его целью всё ещё является собрать всех бидзю, но до сих про не хватает двух.
Кабуто, что был всё это время был в тени и занимался своими чудовищными экспериментами так же строит свои коварные планы в убежище в Ото и собирает новую армию из подопытных.
Учиха Саске, который был объявлен мёртвым лелеял планы мести, но спасся благодаря запретному Додзютсу Изанаги и потерял один глаз, оставшись без Цукиёми Итачи и Сусано. Теперь он ищет способ вернуть свою прежнюю силу и разрушить Коноху до основания вместе со всеми её обитателями.
Страны вновь под угрозой глобальной войны, но теперь с этими проблемами придётся разбираться новому поколению, хотя и "Отцы" должны будут разобраться с тем. что не смогли закончить много лет назад.